Babam'a ait ikamet tezkeresinin süresi bitti. Ne yapabiliriz?

Değerli arkadaşlar, sıkıntı çektiğim bir konuyu sizlerle paylaşacağım. Lütfen bilgisi olan varsa cevap yazsın.
Babam ve annem 1984 yılında Lübnan'dan Türkiye'ye yasadışı yollarla giriş yapmışlar.Türkiye'ye giriş yaptıklarında, babam ve anneme ait herhangi resmi bir belge bulunmuyordu. 1986 yılından 2009 yılına kadar yapılan başvurular hep neticesiz kalmıştı. Ancak 2009 yılında hepimize ikamet tezkeresi verdiler. Babama ait olan ikamet tezkeresi 1 yıllık, kalan aile efradına verilen tezkereler ise 2 yıllık verildi. Babama ait olan İkamet tezkeresinin süresi bitti ve yenilemek için yaptığı başvuruda İkamet tezkeresi süresi bitmeden en az 15 gün önceden başvuru yapması gerektiğini fakat geç kaldığı için hiçbişey yapamayacaklarını söylemişler. Bu bilgi gerçekmidir?.
Ayrıca, ikamet tezkerelerinin üzerinde "Harçsız" ibaresi vardır. Ancak ikamet tezkerelerini bize verdiklerinde makbuz vermeden bizden yaklaşık 1.000TL para aldılar. Bunun bir açıklması olabilirmi?
Ayrıca, ben evlendim ve İkamet tezkeresine istinaden Resmi nikah yaptım. Bundan sonraki süreç ne olacaktır. Yani bana T.C kimliği verilecekmi?
(Bilmeniz gereken bir şey var. Babam'a ait herhangi bir pasaport veya yurtdışından olduğuna dair resmi bir belge yoktur.)
Şimdiden teşekkür ederim.