657'ye tabi memur, iş kanuna tabi sözleşmeli işe geçerken muvaffakat (örneği yok)

Bir kamu kurumunda uzman olarak görev yapıyorum. Kalkınma ajansı uzmanlığını kazandım. Kalkınma ajansı uzmanları iş kanuna tabi ve ssk'lı ancak ajansın yarı kamusal niteliği sebebiyle muvafakat ile geçme şansım vardı. Muvaffakat talebime red cevabıo geldi kurumumdan. Dava açıp sonucunu beklemeye kalkarsam bu sefer ajans için başvuru sürem doluyor. Bu durumda tek yol istifa etmek. Sormak istediğim husus ise şu; mesela 27 ekim tarihinde idare mahkemesine muvaffakat verilmemesi işlemine karşı dava açsam, daha sonra istifa edip ajansta göreve başlasam, mahkeme davayı görmeye devam eder mi? Geriye dönük muvaffakat alabilir miyim? Şimdiden teşekkürler