Uzun süreli sağlık raporu sonrası iş aktinin işverence sona erdirilmesi

Merhabalar,
2 yıl süre ile hastalık sebebiyle çalışamamaktayım. Bu sürede 3 er aylık sürelerle sağlık kurulu raporu almaktayım. Ancak bu süre içinde tüm ücret ve haklarım işverence ödenmiş olup SSK primlerim de yatırılmaktadır. (Halen aktif çalışan gibi işlem görmekteyim) Ben de SSK işgöremezlik ücretini işverene geri ödemekteyim.
İş aktimin sona erdirilmesinde kıdem ve ihbar tazminatı, yıllık izinler gibi konularda izlenecek yol nasıl olacaktır. Merak ettiğim konu iş aktinin bitiş süresi olarak bugün mü yoksa ilk rapor aldığım (yaklaşık 2 yıl öncesi) tarih mi dikkate alınacaktır?
Şimdiden teşekkür ederim.